Niewystarczające możliwości lokalowe, niejasne źródło pozyskania środków finansowych na prowadzenie działalności dydaktycznej i ryzyko pogorszenia relacji instytutów PAN z uniwersytetami – na takie problemy wskazywali m.in. członkowie PAN w czasie dyskusji nt. pomysłu powołania Uniwersytetu PAN.
